Ce site fut une zone d’exploitation du schiste (d’où le nom « Escaille », pour « écaille » de schiste), depuis le 10ème siècle, et un premier moulin à eau y fut construit à cette même époque. 

En 1530, il fut acheté aux seigneurs de Walhain par l’abbaye de Gembloux. Un vivier servait alors de réservoir d’eau pour le moulin. Les moines ont agrandi et transformé le bâtiment en ferme moulin et l’entretiendront jusqu’à la Révolution, époque à laquelle il fut revendu (très cher) à un meunier. 

En 1854, une sucrerie est créée à Gembloux. En 1930, les Raffineries Tirlemontoises acquièrent le site et vendent le moulin à la famille Marchal qui l’exploitera comme moulin à grain jusqu’en 1957.

De 1964 à 1974, ce site est exploité par la sucrerie et comprendra alors jusque 25 ha de bassins de décantation. En 1975, le moulin abandonné est détruit par la sucrerie et les décanteurs sont fermés en 1976. Durant l'exploitation des décanteurs, les variations saisonnières du niveau des eaux profitaient aux oiseaux nicheurs et migrateurs (on a observé à cet endroit jusqu’à 220 espèces d’oiseaux). Après son abandon, le site est colonisé par la végétation et les oiseaux. Cependant, non alimentés, les étangs se sont asséchés, ce qui favorisa une végétation nitrophile (saules, orties).

En 1987, afin de préserver cette zone riche en diversité ornithologique, les Réserves Naturelles et Ornithologiques de Belgique (devenues Natagora en 2003) font l'acquisition de 5 ha sur le site de l’ancien moulin et du dernier bassin de décantation qui a pu être préservé et qui deviendra l’actuel étang de l’Escaille. 

En 1991, le site devient une réserve agréée. C’est une des premières réserves agréées en Wallonie. Elle est pilotée par un comité de gestion.

Par la suite, Natagora installera une éolienne pour pouvoir pomper l’eau d’un petit bassin et remplir l’étang après ses mises assec. Une pépinière éducative s’installera sur le site en collaboration avec les Facultés agronomiques de Gembloux. Et Natagora obtiendra la gestion des abords du Ravel. 

Le comité de gestion de la Réserve créera une section locale Natagora de Gembloux qui s’intégrera plus tard dans la Régionale Natagora Hesbaye Ouest. 

En 2011-2012, la Ville de Gembloux acquiert une zone agricole en monoculture d’1,2 ha adossée à la réserve dans le cadre de son Programme Communal de Développement Rural.  Natagora transformera le site en un verger de variétés fruitières anciennes, un rucher didactique, des haies ainsi que des zones de prairies fleuries permettant le pâturage de moutons.

En 2015, la Ville de Gembloux acquiert et aménage des mares situées à côté du Centre sportif de l’Orneau, qui se trouvent directement dans la continuité de l’écoulement de l’Orneau depuis la réserve de l’Escaille.

Depuis 2016, Natagora s’emploie à dégager les ruines du moulin.

En 2020-2022, la gestion d’un espace vert d’1 ha situé sur l’ancienne décharge des sucreries et d’un talus sur la N4 (où ont été retirés des épicéas scolytés, à côté du pont du RAVeL), a été cédée par la Ville à Natagora.

En 2023,le développement du centre commercial de la Campagne d’Énée s’est opéré en renaturant environ 2 ha de terrains dans le but de protéger certaines espèces rares présentes sur le site. Natagora a directement contribué aux mesures d’aménagements naturels de cette zone afin de préserver le maillage écologique en lien avec la réserve de l’Escaille. 

D’autres projets sont en cours, notamment l’installation d’une Maison de la Nature à l’endroit de l’ancienne grange et la création d’un Parc naturel régional.